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細菌基因組調節子的染色體排布

點擊次數:13179   發布時間:2012/11/6 13:53:04

1月3日,著名雜志Plos  One在線刊登了一篇文章“細菌基因組調節子的染色體排布”(  Genomic  Arrangement  of  Regulons  in  Bacterial  Genomes),文章的通訊作者是來自吉林大學計算機學院的客座教授徐鷹,在文章中,作者用計算機技術來闡述了細菌調節子的排布規則。

調節子是細菌細胞基本的效應系統調節子,在研究細菌的領域內,調節子是一個*基本的概念,細菌的調節子是一組操縱子,是通過相同的調節網絡來進行的轉錄共調節,調節子主要包括trans調節器(一般的轉錄調控因子)和位于操縱子啟動子前的cis調節結合原件;一個調節子包含了由一種轉錄因子調節的很多操縱子。

1964年,科學家提出了regulon(調節子)這個概念,隨后研究者們在大腸桿菌中K12發現了173種調節子,在枯草芽孢桿菌中發現了更多的調節子;通俗來講,調節子被分為兩種類型:局部調節子和全局調節子,前者指的是調節子含有為數不多的操縱子成分,而后者指的是含有相對多的操縱子成分,盡管我們已經學到了已知的調節子的部分功能性,可是對于調節子是如何在細菌基因組中發揮作用的卻知之甚少。

文章的作者徐鷹教授是著名計算生物學家,美國佐治亞大學生物化學與分子生物學系教授,生物信息學研究所所長,兼職吉林大學客座教授,在這篇文章中,作者首次用計算機科學來闡釋細菌基因組中調節子的組織架構法則,他們選用的是大腸桿菌K12和枯草芽孢桿菌str.168來進行研究,*終作者的結果表明,每一個調節子中的操縱子趨向于形成一段繞著染色體緊密在一起的基因簇,轉錄因子比轉錄靶點在進化上更有嚴格的規定,基因組中所有調節子的操縱子組分的全局排布趨向于使功能得到發揮。


 

原創作者:上海恒遠生物科技有限公司

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